r-base | Babinonia

Using R

Fink:

allows you to have multiple versions of R (e.g. 3.4, 3.3 and 3.2);
has a number of CRAN/BioC packages to be stored in /sw/lib/R/3.4/site-library, /sw/lib/R/3.3/site-library and /sw/lib/R/3.2/site-library respectively (CRAN/BioC libraries are linked to Fink packages);
allows users to use CRAN (saved in user directory) and Fink installed package; and
does not depend on non-System/Fink installed shared libraries (e.g. rgdal will not be wrongly linked to user-installed gdal)

$ otool -L /sw/lib/R/3.3/site-library/rgdal/libs/rgdal.dylib 
/sw/lib/R/3.3/site-library/rgdal/libs/rgdal.dylib:
	/sw/lib/R/3.3/site-library/rgdal/libs/rgdal.dylib (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)
	/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/lib/libR.dylib (compatibility version 3.3.0, current version 3.3.1)
	/sw/lib/libgdal.20.dylib (compatibility version 22.0.0, current version 22.1.0)
	/sw/lib/libproj.9.dylib (compatibility version 11.0.0, current version 11.0.0)
	/sw/lib/libintl.8.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.5.0)
	/System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation (compatibility version 150.0.0, current version 1348.1.0)
	/usr/lib/libc++.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 307.4.0)
	/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1238.0.0)

日本語情報あります。日本語をクリック！

To install R with Fink, just type:

R を Fink でインストールするには、:

$ fink install r-base

This will pick up the latest version of R. You can install multiple versions of R at the same time because some other package may depend on an older version, or some R packages may be missing.

これで、最新バージョンの R をインストールします。古いバージョンの R も同時にインストールすることができます。他のソフトが古いバージョンの R に依存していたり、R パッケージがない場合があるからです。

r-base41 4.1.1
r-base40 4.0.5
r-base36 3.6.3
r-base35 3.5.3
r-base34 3.4.4
r-base33 3.3.3
r-base32 3.2.5
r-base31 3.1.3
r-base30 3.0.3
r-base215 2.15.3
r-base214 2.14.2 (OBSOLETE)
r-base213 2.13.2 (OBSOLETE)

/sw/bin/R is included in r-base and is linked to the latest version. If you want to use an older version of R, type:

$ fink install r-base-2.15.3

Note that R 2.14 and older are not avaibale for MacOSX 10.9.

CRAN

Please check CRAN packages provided by Fink.

About Packaging

Compiling R produces libRlapack.dylib only on 10.6.

LAPACK and BLAS (Japanese)
LAPACK/ScaLAPACK Development

Fink-devel

29 April 2014 r-base215. r-base-30 and r-base31

MacOSX + Fink での R の使用方法を簡単に説明します。

Fink では、公式には MacOSX 10.6 以降、非公式には MacOSX 10.1 以降から R を提供しています。サポートバージョンは、 http://pdb.finkproject.org/pdb/package.php/r-base をご覧ください。

R のインストール

まず、ターミナルで以下のコマンドを実行します。

$ fink install r-base

すると、ビルドが始まり、数分すると

...

Setting up r-base30-shlibs (3.0.2-1) ...

Setting up r-base30 (3.0.2-1) ...

Setting up r-base (3.0.2-1) ...

Updating the list of locally available binary packages.

Scanning dists/stable/main/binary-darwin-x86_64
New package: dists/stable/main/binary-darwin-x86_64/sci/r-base30-dev_3.0.2-1_darwin-x86_64.deb
New package: dists/stable/main/binary-darwin-x86_64/sci/r-base30-shlibs_3.0.2-1_darwin-x86_64.deb
New package: dists/stable/main/binary-darwin-x86_64/sci/r-base30_3.0.2-1_darwin-x86_64.deb
New package: dists/stable/main/binary-darwin-x86_64/sci/r-base_3.0.2-1_darwin-x86_64.deb

実際は、もっと多くのメッセージが表示されます。 r-base_3.0.2-1_darwin-x86_64.deb がインストールされたら、いよいよ R を起動します。

$ R

すると、

R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin13.0.0 (64-bit)

R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。 

R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 
詳しくは 'contributors()' と入力してください。 
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式については 
'citation()' と入力してください。 

'demo()' と入力すればデモをみることができます。 
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 
'q()' と入力すれば R を終了します。

と表示されるはずです。 OS の言語設定が英語であれば、英語で表示されます。

パッケージのインストール

R 起動後に、以下のコマンドを実行します。ここでは、 Rcmdr というパッケージをインストールするとします。 R 的には、以下のようにインストールします。

> install.packages("Rcmdr")

Fink から、以下のようにインストールすることもできます。

$ fink install cran-rcmdr-r30

すると、以下のメッセージとともに、ダウンロード先を指定する画面が表示されます。

Installing package into ‘/Users/baba/Library/R/3.0/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
 --- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選んでください ---

どこでも構わないのですが、なるべく地理的に近いところを選択しましょう。ダブルクリックすると、以下のメッセージが表示されます。

 URL 'http://cran.ism.ac.jp/src/contrib/Rcmdr_2.0-2.tar.gz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 3364994 bytes (3.2 Mb)
 開かれた URL 
==================================================
downloaded 3.2 Mb

* installing *source* package ‘Rcmdr’ ...
**  パッケージ ‘Rcmdr’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました 
** libs
 警告:  R の include ディレクトリが空です。恐らく R-devel.rpm か類似物をインストールする必要があります  
flag-sort -r gcc -ffor-scope -I/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/include -DNDEBUG  -I/sw/include    -fPIC  -g -O3  -c ismdi.c -o ismdi.o
flag-sort -r gcc -ffor-scope -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/sw/lib -o Rcmdr.dylib ismdi.o -L/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/lib -lR -lintl -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
installing to /Users/baba/Library/R/3.0/library/Rcmdr/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (Rcmdr)

 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります 
 	‘/private/var/folders/ps/lctdqdxj2g33c_t4_tydpm0m0000gp/T/Rtmp8mELUs/downloaded_packages’